Große Verdienste haben die Pythagoräer in der Astronomie. Sie gingen aus von der kugelförmigen Form der Erde, sowohl aufgrund ihrer Wahrnehmungen, als auch da die Kugelform die vollendetste Form war und ausgezeichnet in ihr System passte. Durch die Abstände zwischen den unterschiedlichen Himmelskörpern in
ganzen und halben Noten auszudrücken, kam Pythagoras zu seiner (siebenfachen) Harmonie der Atmosphäre. Diese gesamte kosmische Tonleiter hat einen sehr besonderen Grundton, den wir niemals hören, da es niemals einen Moment gibt, an dem er nicht zu hören ist. Es wird gesagt, daß Pythagoras ihn doch hörte.
Die Pythagoräer waren sehr musikalisch. Sie entdeckten den Zusammenhang zwischen der Länge der Seite auf einem Konsonanzboden und der Tonhöhe.
Weiterhin gewann man einen Einblick in die Bedeutung der quantitativen Verhältnisse. Die Pythagoräer erhielten auf diese Weise einen so tiefen Eindruck des enormen Wertes der Zahl und der Zahlenverhältnisse (Harmonie), daß sie die Zahl zur Grundlage des Bestehens erklärten, zum Wesentlichen des Seins.

Das weithin bekannte mathematische Dreiecksverhältnis, welches nach Pythagoras benannt ist, war schon viel früher bekannt.

Der Pythagoräer Ecphantus erlernte die Achsendrehung der Erde. Darnach ließ man manche Planeten um die Sonne bewegen, wonach Aristarchus von Samos (280 vor Christus) die Sonne in den Mittelpunkt stellte, und die Erde und Planeten um sie herum drehen ließ. Erst im 15-16ten Jahrhundert deutete Kopernikus dies weiter.